平静的东京湾突然发生海难，当人们还在猜想是否海底火山爆发时，一只巨大的怪兽冒出水面并登陆城区。日本政府主导成立了“巨大不明生物灾害部”，网罗了国家中的奇人异士加盟，研究发现怪兽是受到放射性污染而诞生出来的，命名为哥斯拉；尝试了各种办法均宣告失败的“灾害部”最后不得不决定对哥斯拉采取武装攻击。但是这个巨大的怪兽哥斯拉完成了更恐怖的进化，整个东京将要沦为一片人间地狱，一场人类与怪兽的最终决战即将到来……